Po návratu domů byl během 2. světové války školním rádcem studentů filozofie a bohoslovců nejdříve v Ostravě, pak ve Fryštáku a nakonec v Brně – podle toho, jak se při postupném zabírání domů nacisty studentát stěhoval. V Brně byl ředitelem oratoře a vedl kroužek kandidátek, které se chtěly stát Dcerami Panny Marie Pomocnice (tj. ženská větev kongregace). Po válce odešel na dva roky studovat biblistiku do Říma. Vrátil se v roce 1948 a stal se ředitelem teologického studentátu v Oseku u Duchcova.
V roce 1950 byl při komunistickém zásahu proti řeholníkům odvezen do internačního tábora Želiv, kde byl později zatčen a od listopadu 1954 do března 1955 vězněn ve vyšetřovací vazbě v Ruzyni. Pak byl bez soudu vrácen do Želiva. V roce 1956 byl odvezen do Králíků v Čechách. Po skončení internace v prosinci téhož roku odešel do Prahy, kde si našel místo u Vodních staveb. Až do roku 1968 pracoval na různých stavbách v Praze a okolí. V letech 1968 až 1970 byl zaměstnán jako "muž v domácnosti" na faře v Teplicích - Trnovanech a zbývající 3 roky do důchodu pracoval jako noční hlídač v Metrostavu v Praze. Tato zaměstnání mu umožňovala věnovat se spolubratřím a vyvádět je z krize, která nastala zavíráním ústavů komunisty koncem 50. let 20. století.
Organizoval především studium. Radil, jak studovat, sháněl potřebné texty, organizoval zkoušky. Bral na sebe odpovědnost za umožnění kněžských svěcení, když byl salesiánský biskup Štěpán Trochta po propuštění z kriminálu ochoten světit nové kandidáty. Bral na sebe i zodpovědnost za přijímání nových salesiánů, i když neměl oficiální pravomoc inspektora (provinciála). Bylo proto samozřejmé, že když poslední řádný inspektor P. Antonín Dvořák navrhoval v roce 1969 svého nástupce, uvedl vedle P. Oldřicha Meda (který byl vázán farní pastorací, z níž nebylo možné odejít) právě Františka Míšu.
Službu inspektora (provinciála) "Dominus" vykonával po dobu dvou šestiletí do roku 1981, kdy ji předal Ladislavu Vikovi. Během jeho služby se i přes probíhající normalizaci dařilo zajistit formaci nových spolubratří, jejich studia, případně i kněžská svěcení, formaci a sliby sester salesiánek, volontarií Dona Boska, sdružení salesiánských spolupracovníků i mnohé další salesiánské aktivity (kurzy "malé teologie" či "chaloupkové hnutí"). Sám "Dominus" se v této době – i přes sledování komunistickou Státní bezpečností a četné výslechy – neúnavně věnoval mnoha skupinám po celé republice, kterým předával své biblické znalosti a zkušenosti i salesiánskou radostnost a dobrou náladu.
Po roce 1990 přijal pozvání sester salesiánek z Hradce Králové, aby se tamní komunitě věnoval jako kaplan a dívkám na internátě jako "čestná vychovatelka". I nadále však jezdil za spolubratry, zejména starými a nemocnými, vyučoval Písmo a italštinu novice i mnohé laiky a bděl nad "chaloupkami", které jako dědictví pastorace v komunistické totalitě plní i v současnosti své poslání.
"Dominus" František Míša zemřel 3.3.2005 po operaci v královéhradecké nemocnici.